برای انتخاب نرم افزار و سیستم حسابداری مناسب باید معیار های مختلفی را بررسی نمایید. باتوجه به تنوع زیاد نرم افزار های حسابداری انتخاب یک نرم افزار مالی مناسب و کارامد اهمیت زیادی داشته چرا که تغییر و تعویض سیستم حسابداری می تواند بسیار پر هزینه و زمان بر و در اغلب موارد غیر ممکن باشد .معیار های انتخاب یک نرم افزار مالی و حسابداری مناسب بستگی به نوع شرکت ، نوع فعالیت ، حجم فعالیت ، تعداد کاربران ، تعداد محصولات و خدمات ، مهارت کاربران ، پیشتیبانی نرم افزار ، کاربری آسان نرم افزار ، تجربه و سابقه نرم افزار ، مخاطبین نرم افزار در بازار کسب و کار ، مخاطبین نرم افزار در شرکتهای مختلف ، وضعیت گزارش دهی ، نحوه کدینگ حسابداری ، بررسی رعایت اصول حسابداری و مالی ، نحوه پشتیبان گیری نرم افزار حسابداری و همچنین بررسی مورد تایید سازمان امور مالیاتی بودن نرم افزار حسابداری و … دارد .